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[LibOS] Drop exec bit from source files

Isaku Yamahata %!s(int64=6) %!d(string=hai) anos
pai
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2e4fb94a1e
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      LibOS/shim/src/bookkeep/shim_thread.c
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      LibOS/shim/src/sys/shim_getpid.c

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LibOS/shim/src/bookkeep/shim_thread.c
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LibOS/shim/src/sys/shim_getpid.c
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